S.T.A.L.K.E.R. Shadow of Chernobyl Çernobil Nükleer Santrali‘nin dördüncü reaktörünün patlamasından sonra, santralin çevresinde oluşturulan karantina bölgesinde deneyler yapılmaya başlanır. Ancak deneylerde yapılan bir hata,
The Zone ismi verilen karantina bölgesinde çeşitli
anomalileri ve “artifact”leri oluşturur. Dünyanın çeşitli yerlerinden insanlar buraya akın ederler ve oyunda bu akın eden insanlardan birisi kontrol edilmektedir.
Karakter, oyunun başında hafızasını kaybetmiş şekilde bulunur. Kolunda
“S.T.A.L.K.E.R” dövmesi olduğu için kendisine
Marked One (İşaretli) adı verilir. Oyundaki diğer karakterlerin yardımıyla, Marked One gerçekte kim olduğunu hatırlar.