Yıl 2016, Amerika birleşik devletlerinin Deniz piyadeleri ve Hava gizli kuvvetlerinin tüm çabalarına rağmen Rusya'daki Imran Zakhaev'in kurduğu Aşırı Milliyetçi Komünist partiRusya'daki siyasi kontrolü ele geçirdi. Imran Zakhaev, Şehit ve kahraman olarak ülkede ilan edildi. Rusya'da Moskova'daki Kızıl meydana Imran Zakhaev'in anıtı dikilmiştir.




Bu sırada, Zakhaev'in yanında olan ve onla birlikte çalışan Vladimir Makarov Aşırı Milliyetçi partinin siyasi ve askeri kanadını kendi kontrolü altına almıştır ve Avrupa'da aşırı kanlı terörist eylemler düzenlemiştir. Bunları Zakhaev'in ölümünden sonra ki 5 yıllık bir süreç içinde gerçekleştirmiştir.

Bu yıllarda, Afganistan'da bulunan Amerikan ordusundaki Joseph Allen (Biz) Taliban'a bağlı bazı yerleşim birimlerinin kontrolünün alınması görevinde bulundu. Korgeneral Shepherd, operasyonlardaki başarısını beğenen Allen'ı Task Force 141 adlı özel bir time alır. Bu arada, Task Force 141'in diğer iki üyesi 'Soap' MacTavish ve Sgt. Gary 'Roach' Kazakistan, Tanrı dağlarındaki Rus hava üssüne sızarlar. Görevleri ACS (Saldırı Karakterizasyon Sistemi) modülünü almaktır.



Joseph Allen, daha sonra CIA'in gizli bir görevi için Rusya'ya gönderilir. Makarov'un yanına ajan olarak sızar. Makarov, Allen'ın CIA ajanı olduğunu bilmektedir. Rusya ve Amerika Birleşik Devletleri arasında bir savaş çıkarmak için Zakhaev Hava limanına katliam düzenler ve Allen'da bu planda yer alır. Kaçış esnasında Makarov Allen'ı öldürerek mesajını vermiş olur.



Hava limanı katliamından sonra, saldırının Amerikan destekli bir terörist saldırısı olduğunu ve Kazakistan'daki askeri üsse yine Amerikan ajanlarının sızdığını bilen Rusya, Amerika'ya savaş açmıştır. Rus ordusu başta Virginia eyaleti olmak üzere başkent Washington, D.C ve birçok eyalete askeri çıkarma başlatmıştır. Daha sonraları General Shepherd, Virginia eyaletinde olan çok (HIV) önemli bir çantanın alınması görevini verir.



Rusya'daki Hava limanı Katliamı sırasında Makarov kanıt olarak Allen'ın cesedini bırakmıştır. Balistik inceleme raporundan çıkan bilgi Task Force 141 ekibini Brezilya, Rio de Janeiro'da bir silah tüccarı olan Alejandro Rojas'a götürür. Rojas yakalanır ve sorgu sırasında Makarov'un en büyük düşmanının Mahkum 6-2-7 nin Rusya'da bir gulag ta tutulduğunu söyler.Rusya'nın doğusunda bulunan bu gulag eski toplama kampı, şimdiki askeri üs olarak kullanılmaktaydı. Fakat Gulag'a hava destekli operasyon yapmak şuan için imkansızdı. Bu yüzden ilk olarak onun etrafında olan Deniz üzerine kurulmuş petrol kulelerini etkisiz hale getirip rehineleri kurtarmak olacaktı. Petrol kulelerine eş zamanlı operasyonlar başarılı olduktan sonra Gulag'a hava destekli askeri operasyon düzenlenir. Mahkum 6-2-7, Kaptan Price'tır. Gulag deliğinden onu sağlam bir şekilde çıkarırlar. Sağlam bir şekilde kurtulan Price, Task Force 141'deki görevine geri döner. Task Force 141, Makarov'u takip altına alır ve Korgeneral Shephard gruba lojistik destek sağlar. Price'ın asıl amacı Amerikaya karşı açılan savaşın bitmesidir.


Price, gizlice Makarov'a karşı araştırma görevini sürdürür. Rusya'da bir limana baskın yapan Price önderliğindeki Task Force 141, burada washington DC'ye kitle imha füzesi atacak olan bir denizaltının kontrolünü almaya çalışırlar. Fakat füze çoktan ateşlenmiştir, yok etmek için patlayıcı bir savaş başlığı atar Amerika ancak bu patlama atmosferdeki uluslar arası uzay istasyonunu patlatır ve manyetik bir alan oluşturur.



Bu patlama iki tarafında elektronik haberleşme ve iletişim ekipmanlarının çalışmasını iptal eder. Bu olay Amerikalılara avantaj sağlar. Rus birlikler ana karargah Moskova ile bağlantısı büyük ölçüde kesilir. Bu gelişme sayesinde Beyaz Saray ve Washington'un kontrolü tekrar Amerikalılara geçer. Makarov'un saklanabileceği yerler daraldı. Makarov için önemli olan iki yere operayon düzenlemek için Task Force 141 Price,Soup ve Ghost,Rouch olarak iki ayrı time bölünür. Soup ve Price, Afganistan'daki Uçak mezarlığına giderler. Ghost ve Rouch ise Gürcistan-Rusya sınırındaki Makarov'un gizli dağ evine operasyon düzenlerler.



Rouch'un takımı Makarov'un dağ evinde hayati önem taşıyan birçok bilgiyi bir belleğe kayıt altına alırlar. Dağ evinden kaçış esnasında güvenli tahliye noktasına geldiklerinde onları Shepherd karşılar. Hayati önem taşıyan belleği General Shepherd alarak, Ghost ve Rouch'u orada yakarak öldürür.




Price ve Soup, General Shepherd'ın ihanetini ve Ghost'u yakarak öldürdüğünü çabucak öğrenir. Afganistan'da bu ikili Shepherd ve Makarov'un arasındaki çatışmadan Nikolai'nın da yardımı ile kaçarlar. Olaylardan sonra Task Force 141 timi lav edilmiştir. Price ve Soup aranan savaş suçluları olarak ilan edilmiştir. Price, Afganistan'daki kaçış esnasında Soup ve Nikolai ile iletişim kurduğu kanalın Makarov tarafından dinlenildiğini fark eder ve Makarov'dan Shepherd'ın yerini ister. Makarov, Shepherd'ın Hotel Bravo kod adlı bir bölgede olduğunu istemeyerek de olsa söyler ve kanaldan ayrılır. Shepherd'ın yerini öğrenen Price ve Soup onu yakalamaya gider. Kaçış esnasında Shepherd zodyak botu ile kaçarken bizde onu takibe başlarız. Tam helikopter ile kaçacağı sırada Helikopter isabet alır ve düşer. Bizim olduğumuz bot ise şelaleden aşağı doğru düşer. Soap, Shepherd'ı yaralı bir şekilde bulur tam öldüreceği sırada Shepherd erken davranarak Soup'u karnından bıçaklar. Kafasına silahı dayadığında Price yetişir ve Soup'u öldürmesini engeller.



Price ve Shepherd kavgaya başlarlar, Soup çok kan kaybetmiştir bu sırada tüm gücünü toplayarak karnındaki bıçağı çıkarır ve Shepherd'a fırlatır ve ölür. Price kendine geldiğinde Nikolai helikopter ile gelerek ağır şekilde yaralanmış Soup'u alırlar ve oradan giderler.