Hikaye
Prens kendi hayatını kurtarmak için Kaliena'yı öldürmek zorundadır. Çünkü zaman kumları yüzünden Dahaka adlı bir canavar onu gördüğü yerde kovalamaktadır. Bu yüzden zaman kumlarının yaratıldığı adaya yelken açar. Kaliena ile savaşıp onu öldürür. Fakat Kaliena da prens gibi kendi kaderini değiştirme çabası içindedir. Bunu öğrenen prens bir karar verir. Şatoda saklı olan gizemli bir maske ile tekrar adaya geldiği ana döner. Bu defa elinde su kılıcı vardır ve Dahaka ile savaşıp onu yener.
Kaliena'yı da yanına alarak adadan ayrılan prens ölümcül bir hata yapmıştır. Prens onu kendi zamanına getirerek zaman kumlarının kum saatinde yapılmasını engellemiştir, tüm tarih değişir. Bir zamanlar kendi kralına ihanet eden ve zaman hançerine sahip olmak isteyen veziri prens hiç bir zaman öldürmemiştir. Prens ve babası kral Sharaman ordusuyla hindistanı hiçbir zaman işgal etmemiştir. Herşeyi yoluna koyduğunu düşünen prens taşıdığı zaman madalyonunu denizin soğuk sularına bırakırken vezir ölümsüzlük tutkusuyla Babil'i işgal eder.
Prens vatanına vardığında acı gerçekle yüzleşir ve oradan kaçamadan gemileri batırılır. Kaliena vezirin adamlarına esir düşer. Onun peşinden giden prens en sonunda onu bulur fakat kurtaramaz. Veziri gören prens şaşırır ve vezir yanında getirdiği zaman hançeri ile Kaliena'yı öldürür. Kaliena'nın bedeni zamanın kumlarına dönüşerek tüm şehre dağılır. Vezir artık istediğine kavuşmuştur. Olümsüz olur fakat biçimi de değişir ve bir yaratığa dönüşür. Prens son bir hamle ile zaman hançerini vezirden almayı başarır ama o da zaman kumlarından nasibini alır. Artık onun da içinde kötücül bir varlık ortaya çıkmıştır.
Prens şehrin her yerinde veziri kovalar fakat ummadığı biriyle karşılar. Hindistan kralının savaşçı kızı Farah. Vezir kralı öldürmüş ve kızını da tutsak olarak yanında getirmiştir. Bu yüzden o da prens gibi veziri öldürmek istemektedir. Bu yüzden güçlerini birleştirler. Prens her ne kadar eski olaylar yaşanmasa da hepsini hatırlamaktadır fakat Farah'ın hiç bir şeyden haberi yoktur. Bu ikili git gide bir birine yakınlaşır. Prensin içindeki kötülük ise zaman zaman günyüzüne çıkar ve prens karanlık bir yaratığa dönüşür. Fakat bilinci hala yerindedir bu yüzden bu halini kontrol altında tutar. Farah onu bu halde görür ve öldürmek ister fakat öldüremez. Prens bunun sadece bir değişim olduğunu ve bilincinin hala yerinde olduğunu ikna etmeye çalışır fakat başarısız olunca yolları geçici bir süre ayrılır. Prens tuzağa düştüğünde Farah yeniden belirip hayatını kurtarır. Böylece yeniden birlikte vezirin peşine düşerler.
Bu arada Prensin akıl hocası olan yaşlı bilge Babil'deki insanları örgütleyerek ayaklanmaya öncülük eder. Prens ve Farah babil kulesinin en üst katına çıkmaya çalışırken vezir tarafından tuzağa düşürülürler. Vezir Farah'ı yakalar ve prensi kulenin boşluğuna atar. Fakat prens o anda değişim geçirerek kurtulur.
Prens zindanlardan çıkmanın yolunu ararken babasının cesediyle karşılaşır. Bu olay onu çok etkiler ve içindeki tüm kötülüğü bastırır. Artık kara prense dönüşmez ve zihninden çıkarıp atar.
En sonunda kulenin en tepesine çıkarak vezirle yüzleşir. Onunla savaşır ve onu yener. Zaman hançerini Vezirin göğsüne saplar böylece zamanın kumları yeniden Kaliena'nın bedeninde toplanır. Ona artık zamanın geldiğini söyler. Zaman hançerini eline alır ve hançer onun bedeni ile birleşir. Prensin zaman kumlarından etkilenen bedenini de iyileştirir ve ortadan kaybolur.
Sadece Prensin içindeki kötücül benliği kalmıştır.Prens onunla da kendi zihninde yüzleşir. Farah'ın ona seslendiğini duyan prens onu orada bırakarak uyanır. Daha sonra Farah'a daha önceden başından geçen tüm hikayeyi anlatır.

Karakterler

PRINCE
Oyunda kontrol ettiğimiz ana karakter. Kral Sharaman'ın Hindistanı işgali sırasında zaman hançerini aldı. Zamanın kumlarının içinde bulunduğu kumsaatinin mührünü açarak zamanı değiştirdi. Bu yüzden Dahaka adlı canavar onun peşine düştü. Böylece bu yaratıktan kurtulmak isteyen prens zamanın kumlarının yaratılışını engellemek üzere danışmanı yaşlı adamın rehberliğinde zaman adasına yolculuk yaptı. Burada Dahaka'yı yenen prens Kaliena'yı da yanına alarak babile döndü.


DARK PRINCE
Oyunda kontrol ettiğimiz ikincil karakter. Prensin Kaliena'yı kurtarma çabaları sırasında yaralanması ve zamanın kumlarından etkilenmesi sonucu ortaya çıkmış alt benliği. Onun bedeninde ve zihninde var olan zaman zaman ortaya çıkan karanlık bir yaratık. Prensin çevikliğine ve yeteneklerine sahip ve kolundan çıkan zincirle ölümcül.Ayrıca Dark Prince prince'in bütün kötü yanlarını almıştır.oyunda ilerledikçe prince ile atışmaya ve kavga etmeye başlarlar.dark prince tam bir şeytandır,herşeye atlar,aşırı bir biçimde bencildir ve fırlamadır.


KALIENA
Oyunda hikayeyi anlatan karakter. Zaman adasında yaşayan ve zamanın kumlarını yaratan kişi olarak biliniyor. Asıl yeteneği zamana hükmetmesi. Kendi geleceğine bakıyor ve gelecekten gelen birinin elinden öldüğünü görüyor. Bu yüzden Prens'i durdurmak için herşeyi yapıyor fakat başaramıyor. Yine de Prens onu kurtarak kendi zamanına getiriyor. Bilmediği ise kaderine doğru yol aldığı. Ölümsüzlük arayışı içindeki vezir tarafından öldürülerek hayatı son buluyor.


FARAH
Hindistan kralının savaşçı kızı. Mükemmel derece ok ve yay kullanabilen Farah'ı ilk oyundan tanıyoruz. Kararlı ve inatçı yapısıyla dikkat çekiyor, çevikliği ile zor durumlardan kurtulmakta oldukça başarılı. Prens Sands of Time daki olayları değiştirdiği için Prens'i hatırlamıyor fakat Prens onu hatırlıyor. Oyun boyunca Prensle bir yakınlaşma yaşıyorlar ve birlikte aynı amaç için çarpışıyorlar.


VEZİR
İlk oyundan tanıdığımız vezir Prens'in zamanı değiştirmesiyle ölmemiştir. Ölümsüzlük uğruna kendi kralına ihanet etmiş, zaman hançerini ve Farah'ı da tutsak alarak Babil'i işgal etmiştir. Kaliena'yı öldürerek değişim geçirmiş ve bir yaratığa dönüşmüştür. Oyunun son düşmanı olarak karşımıza çıkar. Kaliena'nın intikamı ve halkına yaptıklarını ödetmek isteyen Prens tarafından bir kez daha ve kalıcı olarak hayatına son veriliyor.


YAŞLI ADAM
Prensin akıl hocası ve öğretmenidir. Çocukluğundan beri ona yaşlı adam bakmış ve yetiştirmiştir. Prensi kendi oğlu yerine koymuştur ve ve verdiği akıllarla ona yol göstermiştir. Prens zaman adasına yolculuk etmek istediğinde de ona yolculuğunun mutlu sonla bitmeyeceğini hatırlatır. Fedekarlık yapmadan ona işleri yoluna koyamayacağını söyler ve söylediklerinde de haklı çıkar. Babil işgali sırasında da ayaklanmaya öncülük eder.