Zamanı geri çevirip tarihi tekrar yazmak için Sands of Time'ı (Zaman Kumları) kullanmasından yedi sene sonra, Prens kendini zamanın koruyucusu Dahaka tarafından aranırken bulur. Prensin kaderinden kaçmasından dolayı, Dahaka onu öldürmeye ve zamandaki düzeni tekrar sağlamaya çalışmaktadır.
Yaşlı bir bilge adamdan nasihat almaya giden Prens, Empress of Time (Zamanın İmparatoriçesi) tarafından yönetilen ve Sands of Time'ın bulunduğu Island of Time (Zaman Adası) adında bir ada olduğunu öğrenir. Sadece kendini ve kurtuluşunu düşünen Prens, adayı bulmak ve kumların hiç yaratılmamasını sağlamak için adaya yelken açar. Eğer kumlar hiç yaratılmazsa, Dahaka'nın onu avlaması için hiç bir sebebi olmayacağını düşünür.
Gemi ile ilerlerken Prensin karşısına adaya ve amacına ulaşmasını engelleyen büyük bir engel çıkar. Shahdee adında siyah giyimli (tabii ona giyinmek denirse), gizemli bir kadının emrindeki askerler; Prensin gemisine saldırır ve tüm tayfasını öldürür. Prens, kadınla savaşır fakat kadın onu gemiden atmayı başarır. Prensin gemisi batar; fakat Prens kurtulur ve adaya sürüklenir.
Adada içerilere ilerlerken, Shahdee ile tekrar karşılaşır ve onu adanın kalesine kadar kovalar. Fakat bunu yaparken, kalenin, geçmişi ve şimdiyi birbirine bağlayan birçok geçidinden birine kazayla girer. Geçmişte kadını kovalamaya devam ederken, onu Kaileena adında kırmızılı bir kadını öldürmeye çalışırken bulur. Shahdee ile bir kez daha dövüşen Prens onu öldürür ve Kaileena'yı kurtarır.
Prensin Empress of Time ile görüşme isteğini reddeden Kaileena, ona iki kuleyi aktive etmesi gerektiğini, böylece İmpratoriçe'nin taht odasının kapılarının açılacağını söyler. Kaileena, Prense Serpent Sword'u (Yılan Kılıcı) verir. Bu kılıç, kulelere giden köprüleri aktif hale getirecektir. Daha sonra Lion Sword'u (Aslan Kılıcı) verecektir. Prens adayı keşfe başlar ve gizemli, karanlık görünüşlü garip bir yaratık görür. Taht odasına varmadan kısa bir süre önce Dahaka çıkagelir ve Prens'e saldırır. Tam onu öldürecekken, gördüğü o karanlık yaratık Prens'in önüne geçer ve Dahaka Prens'in yerine onu öldürmüş olur. Dahaka Prens'e saldırmadan yok olur. Ardından Prens taht odasına gitmeyi başarır ve Kaileena'nın aslında imparatoriçenin ta kendisi olduğunu öğrenir. Kaileena, Shahdee'yi Prens'i öldürmesi için görevlendirmiş, Prens'i kulelerde ölümcül görevlere yollamış ve hatta ona lanetli Aslan Kılıcı'nı vermiştir; fakat yine de Prens hala yaşıyordur.
Kaileena da Prens gibi kaderine karşı çıkmaktadır. Kendisininkini zaman çizgisinde görmüştür, ki bu Prens tarafından öldürüleceği anlamına gelmektedir. Bundan dolayı onu ilgilendiren tek şey, Prens'den ne şekilde olursa olsun kurtulmaktır. Shahdee de, Kaileena'yı kurtarmak için aldığı görevin aptalca ve yararsız olduğunu, kadının boşa uğraştığını düşünmüş ve Kaileena'ya sırt çevirmiştir.
Prens isteksizce Kaileena'yla dövüşür ve onu öldürür. Kaderinden kurtulduğunu umarak kendi zamanına geri döner; fakat Kaileena'yı öldürdüğünde onun vücudundan Zaman Kumları'nın oluştuğunu anlar. Engellemeye çalıştığı şeye sepeb olduğunu anlayarak umudunu kaybetmeye başlar; ama Mask of the Wraith'i (Hayaletin Maskesi) bulur, ki bu maske kaderine meydan okuyacak güce sahiptir. Maskeyi taktığında Sand Wraith'e (Kum Hayaleti) dönüşür, yani daha önceden gördüğü şu karanlık, gizemli yaratık. Zaman geçitlerinin onun bu hali üzerinde büyük bir etkisi vardır. Geçmişteki olayları anlar ve Prens halindeyken yaşadığı olayları gözlemler. Dahaka'nın Prensi öldürmeye çalıştığı o ana geldiğinde, kendini Dahaka'nın önüne atar ve böylece "diğer" prensi, yani kendisini kurtarmış olur. Diğer prensin ölmesi gereklidir, çünkü o Kaileena'yı geçmişte öldürmek istemektedir. Eğer Sand Wraith, yani prens bunu durdurmasaydı, yine aynı şeyler yaşanacaktı. Bunu yapınca maske düşer ve tam taht Odası'na girmeden önceki ana geri dönmüş olur.
Prens Kaileena'yı öldürmekten başka çaresi olmadığına karar verir; ama onu geçmişte değil de şimdiki zamanda öldürürse, daha kumları kullanamadan kumların yaratılışını engellemiş olacaktır. Böylece kaderinden de kaçmış olacaktır. Prens kadınla tekrar karşılaşır ve onu bir zaman geçidine, şimdiki zamana getirir. Bu anda oyunun sonu, oyuncunun kendisine bağlıdır. Eğer oyuncu, oyun içindeki tüm health upgrade'leri (can yükseltici) toplayıp en güçlü silah Water Sword'u (Su Kılıcı) aldıysa, farklı bir son ile karşılaşacaktır.
Su Kılıcı olmadan (alternatif son): Prens ve Kaileena tekrar dövüşür ve Prens onu tekrar öldürür. Dövüşten sonra Dahaka gelir ama Prens'i görmezden gelerek kadının vücudunu alır (çünkü artık kadın, o zaman ait değildir ve yok edilmesi gerekmektedir). Sonra Prens'e doğru ilerler ama sadece Time Medallion'ını (Zaman Madalyonu) alır. Kaderinden kurtulmuş olan Prens, Babil'e doğru yelken açar...
Su Kılıcı ile (asıl son): Dahaka gelir ve Kaileena'ya doğru ilerler ((çünkü artık kadın, o zaman ait değildir ve yok edilmesi gerekmektedir). Fakat Prens, Dahaka'nın Su Kılıcı'na karşı dayanıksız olduğunu anlar ve onunla dövüşerek onu yener. İkisi de kaderlerinden kurtulmuş olarak birlikte Babil'e doğru yelken açarlar...